Fransızlar Tunus’un hediye edilmesine karşılık, Mithat Paşa’yı verdiler. Mithat Paşa, vapurla İzmir’den, İstanbul’a getirildi. (22 Mayıs 1881) Yolda 11 saat sorgulandı. Cinayete yardım etme suçunu reddetti. İstanbul’da Yıldız Sarayına götürülerek orada Çadır Köşkünde nezarete alındı. Burada da on gün boyunca sorgulandı.
Soruşturma tamamlanınca, iddianame Abdülhamit’e sunuldu. Durum heyetler tarafından değerlendirildi. Sonuç olarak Malta Karakol hanesi yakınında kurulacak özel bir mahkemede yargılanacak, Abdülhamit geriden gizli bir bölmeden mahkemeyi izleyecek kontrol edecekti. Mithat Paşa’nın varlığından tanınmışlığından korkuyordu. Abdülaziz’i Mithat Paşa’nın öldürdüğüne kendisi de inanmıyordu. Ülkede tek başına hüküm sürmek için böylesi bir kumpasa gereksinim vardı. Amcası Abdülaziz’in öldürülmesi ile suçlayıp ondan ebediyen kurtulmak istiyordu.
İddianame 19 Haziran 1881 de Mithat Paşa’ya sunuldu.
Mithat Paşa Malta Karakolu yakınında kurulan büyük bir çadırda yargılanacaktı. Mahkeme Başkanı, Mithat Paşa’nın yolsuzlukları nedeniyle görevden uzaklaştırdığı Sururi Efendi, İkinci Başkanı ise Etniki Eterya isyanı sırasında babası II. Mahmut tarafından astırılmış olan Hristas Foridas Efendi idi. Savcılık makamında ise, yine bir Mithat Paşa düşmanı Latif Bey vardı. Mithat Paşa tam bir kumpas içerisindeydi.
Mahkemenin ilk celsesi, 27 Haziran 1881 günü başladı. Dinleyiciler, mahkeme çadırına ücretli biletle giriyorlardı. Mahkeme salonu, adeta bir tiyatroya benzetilmek istenmişti.
Mithat Paşa, sorgulamasının diğer sanıklarla beraber yapılmamasını talep etti. Sadece bu isteği kabul edildi.
Duruşmada, sanık Hacı Mustafa ve Pehlivan Mustafa isimli kişilerde vardı, Abdülaziz’i öldürdüklerini kabul ettiler. Bu suçlamayı kabul eden bu sanıklar, ezberletilmişçesine, olayı iddianamede yazıldığı şekilde, aynen tekrar ettiler. Ancak, sonra birden Pehlivan Mustafa ayağa kalkarak: “Asın kesin, öldürün yalnız işkenceler yeter” diye bağırmaya başlıyor. Sonra da; “Bana ve iki arkadaşıma yapmadıklarını koymadılar. Bizi zorla, bu işi yaptık dedirttiler. Yalandır. Biz efendimize kıymadık” diye haykırıyor.
Duruşmaya ara verildi. Duruşma tekrar başladığında, Pehlivan Mustafa, sanıklar arasında yoktur.
Cinayeti gördüklerini söyleyen üç Arap hadımağası iddianameyi ezberledikleri gibi tekrar ediyorlar. Abdülaziz’in nasıl öldürüldüğünü anlatıyorlar.
Mahkeme başkanı, Mithat Paşa ile aralarında geçen hasımlık nedeni ile şüpheye yer vermemek için davadan çekiliyor.
Sanki sanıklarla mahkeme yer değiştirmişti. Mithat Paşa Mahkeme Çadırına alındığında son derece rahat ve onurlu bir duruş sergiliyor ve başı dik. Abdülaziz’in intiharının hukuken sabit olduğunu, öldürülme iddiasının yalan olduğunu ve kanıtlarını bir bir sıralıyor. Bu konuda en önemli kanıtının Abdülaziz’in annesi Pertevniyal Sultan’ın şahitliğine dayandığını, eğer bu şahit Abdülaziz’in öldürüldüğünü mahkemede ve kendi yüzüne karşı söylerse, suçu kabul edeceğini söylüyor. Ancak bu şahit hiç dinlenmiyor.
Mithat Paşa sanıklarla yüzleşmek istedi. Daha önce itirafta bulunan Pehlivan Mustafa suçunu tekrar yineledi. Mahkeme ısrar edilmesine rağmen Mithat Paşa’nın sanığa soru sormasını kabul etmedi. Biz bu tip yargılama yöntemini, günümüzde Balyoz ve Ergenekon davalarından iyi anımsıyoruz.
Mithat Paşa savunmasında; ““Efendi, savunma hakkı ya vardır, ya yoktur… Bu iddianamenin sadece başındaki besmele ile sonundaki tarih doğrudur. Neden? Sultan Aziz’in vefatını, merhumun annesinden sormuyorsunuz? Çünkü ciğerparesi olmasına rağmen vicdan ve Allah korkusu olan herkesin yalan söylemeyeceğini biliyorsunuz… Kanunları ayakaltına aldıktan sonra mahkemeye ne lüzum var. Tanzimat’tan önceki duruma geri döndüğümüzü gördüğüm için çok üzgünüm. Bu benim için sizin vereceğiniz bir ölüm kararından daha acıdır… En büyük hâkim tarihtir. Ben sizleri, cümleten bu büyük hakime tevdi ediyorum.”
Karar Paşa'nın idamıdır. Temyizden de karar aynı doğrultuda gelir. Abdülhamid, bunu ömür boyu kürek cezasına çevirir, güya dışarıya karşı şev katli bir padişah olduğunu göstermektedir. Mithat Paşa; hemen ertesi gün, Taif'e sürgüne gönderilir.
Mithat Paşa’nın kocaman varlığı, Abdülhamit için sanki bir kara düş gibiydi. Arabistan’ın korkunç Taif Zindanı onun son durağı olacaktı.
Oradan da kurtulup kendisine zarar vereceğini düşünen Abdülhamit, Mithat Paşa’yı cellatlarına boğdurarak yaşamına son verecektir.
Not; Yarın Mithat Paşa’nın boğdurulması ve cenazesi ne oldu.